误区一：享受优惠会加大亏损
根据国税局的调查，一部分处于亏损状态的企业认为，选择享受研发费用加计扣除的优惠后，会增加企业亏损额，因此主动放弃享受该优惠政策。
典型案例
大连某信息技术有限公司，是一家全球领先的IT服务与解决方案的外资企业，连续多年被认定为国家规划布局内的重点软件企业，具有大规模的自主研发能力。在企业享受研发费用加计扣除政策的调查中，企业负责人表示不愿意享受此项优惠政策。据该企业负责人反映，企业目前处于亏损状态，如果享受该政策，会增加亏损，在报表上“不好看”。
应对措施
对企业负责人的错误观点，税务人员表示，研发费用加计扣除政策增加的亏损只是企业所得税报表中的“纳税调整后所得”，并不增加企业利润表中的亏损。经过测算，企业加计扣除的金额高达263万余元。经过辅导后，企业的顾虑消除了，最终享受到了这一政策利好。
国税局有关负责人认为，企业因对政策的理解有误导致了企业不愿意享受此优惠政策，该负责人建议，当纳税人在享受税收优惠有顾虑时，应该及时与税务机关沟通，而不要盲目放弃，确保税收优惠“应享尽享”。
误区二：共用设备不能加计扣除
实践中，一些企业生产设备与研发设备是生产部门和研发部门共用的，按照原来的研发费用加计扣除政策，不属于“专门用于”研发活动的设备，不能享受研发费用加计扣除政策。国税局在调研中发现，不少企业并不了解《财政部、国家税务总局关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》和《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》打破了这方面的限制，依然“固执”地认为共用设备不能加计扣除，从而未能享受到最新的优惠政策。
典型案例
某电缆公司是一家主营电线和电缆制造的企业。工厂所用设备绝大多数都为共用设备，在用于生产电缆的同时用于研发新产品的实验检测和标准检测等，频率较高、更新较快，约有70%以上的时间用于研发新产品。根据原有的研发费用加计扣除政策，该企业的设备不属于专门用于研发的设备，所产生的费用不可以享受此项税收优惠。公告发布后，企业未能及时研究最新的政策规定，依然认为共用设备不能加计扣除。
应对措施
税务人员通过实地参观企业生产车间，了解生产研发流程后，针对此次研发费用加计扣除的新政策提供了专业的政策解读和业务辅导。国税局有关负责人表示，119号文件对于研发与生产经营共用部分产生的费用，不再强调“专门用于”四字，即企业可以依据合理的分配方法，对共用费用作出分配，并对其中研发费用的部分加计扣除。经过辅导，企业通过研发支出辅助账汇总表归集了共用设备仪器的折旧费，最终成功实现了共用设备费用的加计扣除。
误区三：委托研发都需要支出明细
按照原来的研发费用加计扣除政策，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况。在实际操作中，受托方以多种理由拒绝提供相应支出明细，委托方企业觉得“太麻烦”，因此放弃享受该部分的加计扣除优惠。119号文件和97号公告发布后，不少企业的这一惯性思维依然存在。
典型案例
某机车研究所是以轨道交通动力装备技术开发、设计制造、试验检测和信息服务为主的专业研究所，目前隶属于中国中车股份有限公司。享受研发费用加计扣除政策，根据原政策规定，需要提供受托方的财务明细，甚至需要得到对方的账务凭证。但是，该企业的受托方时常以商业秘密为由不配合，该企业也不愿意为此投入过多精力，因此选择放弃享受该部分税收优惠。
应对措施
税务人员在新政出台后，想到了企业存在的难题，及时上门与财务负责人作了沟通解释。119号文件第二条“特别事项的处理”中明确规定，企业委托外部机构或个人开展研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除，受托方不得再加计扣除。委托外部研究开发费用实际发生额应按照独立交易原则确定。如果委托方与受托方不存在关联关系，则受托方无须向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况。
国税局有关负责人表示，表面来看，119号文件降低了研发费用加计扣除的比例，但是实际上大大降低了委外研发的加计扣除的难度，使企业更加容易享受优惠政策。最终，在税务机关的帮助下，此公司仅委托研发部分享受到的加计扣除优惠就达260余万元。
误区四：宁可放弃优惠也不设立账目
按照19号文件和97号公告，企业享受研发费用加计扣除优惠不再需要对研发费用“专账处理”，但需要对享受加计扣除的研发费用按研发项目设置辅助账，将辅助账的汇总表作为企业备案的附件报送至税务局，并在申报时填写“研发项目可加计扣除开发情况归集表”。但是，实践中不少企业依然认为“设置账目很麻烦”，最终放弃享受优惠。
典型案例
某橡胶公司主要从事橡胶地板的研究、开发和生产，现已成为橡胶地板行业的龙头企业。为扩大企业的生产能力，企业决定启动新的投资计划，在原有基础上增加5条生产线，投资总额高达3000万元。研发费用加计扣除的政策为企业带来了一场“及时雨”。
政策想享受，申报却成了难题。因加计扣除政策对财务核算要求高，申报表填写也较为复杂，这对企业财务人员的能力是一个极大的考验，财务人员一直面临很大的工作压力。从财务人员的角度看，要想享受研发费用加计扣除优惠，就需要在账务处理上花费大量的精力。权衡之后，此公司决定放弃享受优惠。
应对措施
考虑到企业存在的难题，国税局、科技局、地税局及高新技术产业园区共同努力，自主研发出“研发加计录录通”软件并推广至纳税人使用。借助该软件，此公司成功地享受到了研发费用加计扣除税收优惠。
误区五：认定“三新”有风险便放弃
根据97号公告，企业享受加计扣除优惠的前提条件是研发活动满足“新技术、新产品、新工艺”（以下简称“三新”）这三个基本条件。企业因研发的项目多、范围广，对是否符合文件规定范畴把握不准，对产品认定标准等技术问题有疑虑。
典型案例
某科技股份公司是国家级的高新技术企业，拥有自主知识产权的核心技术，现已申请专利达540项，著作权17个，在车联网和自动驾驶等汽车前沿领域取得了诸多突破。企业财务总监坦言，虽然加计扣除政策缓解了企业资金紧张的局面，但他们对“三新”的认定标准把握不准，怕因此产生税务风险。
应对措施
考虑到企业存在的顾虑，主管税务机关与辖区科技局合作，发挥科技局专业特长，帮助企业提高“三新”标准的认定能力，同时与辖区管委会合作出台了《企业研究开发项目认定备案管理办法》，借助专家的力量解决专业方面的难题。国税局据此与科技局进一步协作，联合建立了“三新备案平台”，实现了企业端、税务局端及科技局端的三方互通。企业在遇到不知是否符合条件的研发项目时，只需要将资料通过网络上传至该平台，科技局立即组织专家评审并出具评审结果，纳税人和税务机关就可以依据评审结果判定企业研发项目是否符合“三新”标准。
