近年来，我国对于高新技术企业的扶持力度越来越大，申请高新技术企业认定的企业也都持续增长。但是，高新认定成功后并不是万事大吉了，还有许多事项需要注意，这些都关系到企业的直接利益，稍有不注意这些问题会导致企业无法及时享受优惠政策甚至有可能被取消认定资格。
一、享受税收优惠自认定当年起，企业可持“高新技术企业”证书及其复印件，到主管税务机关办理相关手续，享受税收优惠。高新技术企业资格期满当年内，在通过重新认定前，其企业所得税暂按15%的税率预缴，在年度汇算清缴前未取得高新技术企业资格的，应按规定补缴税款。
二、填报年度报表企业获得高新技术企业资格后，在其资格有效期内应每年5月底前通过“高新技术企业认定管理工作网”报送上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表；在同一高新技术企业资格有效期内，企业累计两年未按规定时限报送年度发展情况报表的，由认定机构取消其高新技术企业资格，在国家“高新技术企业认定工作网”上公告。
三、报告重大变化高新技术企业发生名称变更或与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等），应在发生之日起三个月内向认定机构报告，在“高新技术企业认定管理工作网”上提交《高新技术企业名称变更申请表》，并将打印出的《高新技术企业名称变更申请表》与相关证明材料报认定机构，由认定机构负责审核企业是否仍符合高新技术企业条件。企业仅发生名称变更，不涉及重大变化；符合高新技术企业认定条件的，由认定机构在本地区公示10个工作日，无异议的，由认定机构重新核发认定证书，编号与有效期不变，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
四、加强企业管理通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。三年后，企业需按照《高新技术企业认定管理办法》要求重新参加认定。所以，企业要继续加强研发管理，注意企业知识产权、研究开发活动、主营业务、成果转化及高新技术产品（服务）等方面的情况变化，注意高企年报、R&D投入统计、工商年报、所得税纳税申报表、工业统计的关键数据的一致性，为三年后的重新认定打好基础。
五、跨区整体搬迁跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业须向迁入地认定机构提交有效期内《高新技术企业证书》及迁入地工商等登记管理机关核发的完成迁入的相关证明材料。完成整体迁移的，其高新技术企业资格和《高新技术企业证书》继续有效，编号与有效期不变。由迁入地认定机构给企业出具证明材料，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。整体迁移是指符合《中华人民共和国公司登记管理条例》第二十九条所述情况。
六、资格认定取消已认定的高新技术企业的有下列行为之一的，由认定机构取消其高新技术企业资格：
1.在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的；
2.发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的；
3.未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年内未填报年度发展情况报表的。
对被取消高新技术企业资格的企业，由认定机构通知税务机关按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。已认定的高新技术企业，无论何种原因被取消高新技术企业资格的，当年不得再次申请高新技术企业认定。无论是首次申请还是重新认定，企业申请所提交的资料严禁存在弄虚作假的行为，一经审查机构发现就会取消当年认定资格，严重的还会禁止申请高新认定，切记！
